Správne zapojenie prúdového transformátora je nevyhnutné pre presné meranie a bezpečnú prevádzku. Pripojenia primárneho vinutia sú označené ako P1 a P2, zatiaľ čo pripojenia sekundárneho vinutia sú označené ako S1 a S2-. Základným pravidlom zapojenia CT je, že primárna strana je zapojená do série s meraným vedením a sekundárna strana je zapojená do série s meracím prístrojom alebo ochranným relé. Je potrebné dodržať polaritu: P1 zodpovedá S1 a P2 zodpovedá S2-. Keď primárny prúd vstúpi do svorky P1, sekundárny prúd opustí svorku S1 - toto je štandardná konvencia pre subtrakčnú polaritu -.
V praxi by sa svorka S1 CT mala pripojiť ku svorke označenej k na schéme zapojenia a svorka S2 by mala byť pripojená ku svorke označenej l-. Sekundárne pripojenia by sa mali vykonávať pomocou najkratšej použiteľnej dĺžky kábla vhodnej veľkosti a priemer kábla by sa mal zvoliť v súlade s požadovanou dĺžkou, aby nedošlo k nadmernému zaťaženiu CT. Dodržujte polaritu zapojenia pre konkrétnu inštaláciu: napájanie prichádzajúce zo zdroja musí ísť najskôr cez stranu P1, aby bola zachovaná správna polarita.
Zásadným bezpečnostným aspektom je, že sekundárny obvod CT nesmie byť nikdy ponechaný otvorený, kým primárnym obvodom preteká prúd. Ak je sekundárny okruh CT otvorený a primárny okruh je pod napätím, v CT, ktoré je pripojené k otvoreným spojovacím káblom, sa indukuje vysoké napätie, čím vzniká riziko vážnych alebo smrteľných zranení. Ak musí byť CT inštalovaný bez vykonaných pripojení sekundárneho vedenia, medzi sekundárne pripojenia by sa malo inštalovať skratovacie prepojenie a toto prepojenie by sa malo odstrániť až po vykonaní konečných sekundárnych pripojení.
Pri inštaláciách, kde nie je možné odpojiť primárny okruh-, postupujte podľa tohto poradia: najprv navzájom prepojte prúdové transformátory a merače energie, potom umiestnite prúdové transformátory podľa polohy fáz. Po dokončení zapojenia overte pripojenie kontrolou značky napájania zobrazenej na merači energie. Ak sa spotrebuje elektrina, výkon musí byť zobrazený bez označenia; ak sa dodáva elektrina, výkon musí byť zobrazený so záporným znamienkom. Ak tomu tak nie je, prúdové transformátory sú buď nesprávne namontované alebo nesprávne pripojené. Vždy sa uistite, že všetky sekundárne vinutia externého transformátora prúdu sú uzemnené k uzemňovacej zbernici, aby sa zabránilo kapacitnej väzbe, ktorá umožní sekundárnemu napätiu vzrásť až na napätie siete, čo môže predstavovať vážne bezpečnostné riziko.