Pripojenie CT k ochrannému relé sa líši od meracích aplikácií niekoľkými dôležitými spôsobmi. Ochranné relé vyžadujú CT so špecifickými triedami presnosti, ktoré sú navrhnuté tak, aby fungovali lineárne počas poruchových stavov, keď primárne prúdy môžu byť mnohonásobkom menovitej hodnoty. Sekundárny CT musí byť pripojený k prúdovým vstupným svorkám relé so správnou polaritou, aby sa zabezpečila správna činnosť smerovej a diferenciálnej ochrany.
Sekundárne pripojenia S1 a S2 by mali byť pripojené ku svorkám relé označeným k a l na schéme zapojenia -. Pre schémy diferenciálnej ochrany je rozhodujúce zarovnanie polarity. Prúdy vstupujúce na obe strany chráneného zariadenia sa musia posudzovať s ohľadom na ich smer. Keď sa chyba vyskytne v skutočnej prevádzke, relé musí byť schopné rozlíšiť medzi vnútornými poruchami a priechodnými poruchami a toto rozlíšenie závisí výlučne od správnej polarity CT a pripojenia.
Pri diferenciálnej ochrane transformátora musí pripojenie CT zohľadňovať fázový posun spôsobený konfiguráciou vinutia výkonového transformátora. Ak je primárne vinutie transformátora zapojené do trojuholníka{1}}, primárne CT sú zvyčajne zapojené do hviezdy; ak je vinutie sekundárneho transformátora zapojené do hviezdy{2}}, sekundárne transformátory sú zapojené do trojuholníka. Toto kompenzuje 30-stupňový fázový posun a zaisťuje, že prúdy vstupujúce do relé sú za normálnych podmienok vo fáze. V zložitejších situáciách sa môžu použiť externé vložené transformátory prúdu (ICT), aby sa dosiahol požadovaný pomer a fázová korekcia.
Schémy zemnej ochrany sa tiež spoliehajú na špecifické pripojenia CT. Priame prenosy môžu poskytnúť uzemnenú{1}}fázovú ochranu pomocou CT s pomerom ako 50/5 alebo 10/1. Balančné relé toku zisťuje uzemnený-fázový prúd pomocou prstencového{7}}typu CT inštalovaného okolo troch fázových vodičov, pričom súčet prúdov by mal byť normálne nula. Zostatkové vypínacie relé využíva zvyškový prúd odvodený z trojfázových CT-.
Bez ohľadu na schému ochrany platia rovnaké základné bezpečnostné pravidlá: sekundárny CT nesmie byť nikdy ponechaný otvorený, kým tečie primárny prúd, a sekundárny obvod musí byť v jednom bode uzemnený. Pred zapojením by mal byť sekundárny transformátor -odpojený od napätia jeho skratovaním cez skratovací blok. Všetky sekundárne vinutia externého transformátora prúdu musia byť uzemnené k uzemňovacej zbernici a za žiadnych okolností nesmú byť sekundárne vinutia CT ponechané otvorené-, keď tečie primárny prúd. Po inštalácii overte polaritu sledovaním nameraných prúdov relé pri zaťažení alebo pomocou fázového{5}}merača uhla počas uvádzania do prevádzky.